Salah satu penyakit bebek petelur ataupun pedaging yang paling umum adalah bebek Hepatitis Virus Bebek. Ini adalah penyakit fatal yang biasanya menyerang bebek yang sekitar 1 sampai 28 hari tua. Alasan mengapa mereka mudah diserang oleh penyakit ini adalah kerentanan mereka. Sistem kekebalan tubuh mereka belum sepenuhnya dikembangkan dan dengan demikian membuat mereka rentan terhadap itu. Penyakit ini menyebar dengan cepat dan dapat menyebabkan kematian hingga 90%. Tanda-tanda dimanifestasikan oleh bebek adalah serangkaian kontraksi spasmodik di kaki mereka dengan pembesaran hati yang menunjukkan bintik hemoragik. Bebek bisa mati dalam secepat satu jam di 'melengkung-kembali' posisi karakteristik.
Secara garis besar penyakit bebek dikelompokkan dalam dua hal yaitu:
1) penyakit yang disebabkan oleh mikroorganisme seperti virus, bakteri dan protozoa
2) penyakit yang disebabkan oleh defisiensi zat makanan dan tata laksana perkandangan yang kurang tepat
Adapun jenis penyakit yang biasa terjangkit pada itik adalah:
1) Penyakit Duck Cholera
Penyebab: bakteri Pasteurela avicida. Gejala: mencret, lumpuh, tinja kuning kehijauan. Pengendalian: sanitasi kandang,pengobatan dengan suntikan penisilin pada urat daging dada dengan dosis sesuai label obat.
2) Penyakit Salmonellosis
Penyebab: bakteri typhimurium.Gejala: pernafasan sesak, mencret. Pengendalian: sanitasi yang baik, pengobatan dengan furazolidone melalui pakan dengan konsentrasi 0,04% atau dengan sulfadimidin yang dicampur air minum, dosis disesuaikan dengan label obat.
Contoh Lain penyakit atau gangguan kesehatan pada bebek petelur ataupun pedaging antara lain berak kapur. Ditandai kotoran bebek berwarna hijau dengan bercak putih. penyakit atau gangguan kesehatan ini diduga karena bakteri Salmonella typhimurium. Pengobatan yang dianjurkan memberikan Nitrofurans, Sulfa, atau antibiotik lainnya. Salah satunya dengan mencampur pakan dengan Furazolidon 0,0011%.
Penyakit pada bebek petelur / pedaging yang sering dijumpai adalah kelumpuhan karena kualitas pakan buruk atau kadaluwarsa, Itik / Bebek makan bangkai, dan terlalu banyak berada di tanah becek. Cara tradisional mengatasi Itik / Bebek lumpuh, telankan butiran es batu. Dianjurkan tidak memberikan pakan nabati berjamur, seperti jagung dan bungkil yang sudah lama. Pakan kadaluwarsa itu mengandung Aspergillasis flavus yang dapat meracuni Kati sehingga menyebabkan kelumpuhan.
Penyakit pada bebek petelur / pedaging lain yang pernah dijumpai peternak di Mojosari, adanya sejenis cacing yang menempel di tenggorokan. Cara menanggulanginya dengan mencabut cacing yang menempel dengan pinset. Setelah itu diberikan obat Tetrachlor. Gejala serangan Itik / Bebek, tidak mau makan dan tidak bersuara. Kadangkala Itik / Bebek tidak nafsu makan. Resep yang ditawarkan peternak Itik / Bebek di Tegal, 200 lembar daun mengkudu, 10 lembar daun pepaya, dan 1 kg temuireng ditumbuk. Air hasil rebusan bahan itu dicampurkan dalam ransum pakan. Kasus keracunan karena pakan basi atau bangkai bisa diatasi juga dengan jamu asam dan gula. Beberapa aditif yang dapat ditambahkan dalam air minum Itik / Bebek antara lain Calgophus untuk mencegah defisiensi mineral dan trace elemen lainnya dan Vitamin untuk menambah vitamin.
