Banyak sekali hama dan penyakit yang dapat menyerang ternak bebek/itik, namun secara garis besar penyakit bebek/itikdikelompokkan dalam dua hal yaitu:
1) penyakit yang disebabkan oleh mikroorganisme seperti virus, bakteri dan protozoa
2) penyakit yang disebabkan oleh defisiensi zat makanan dan tata laksana perkandangan yang kurang tepat
Adapun jenis penyakit bebek/itik yang biasa menyerang adalah:
1) Penyakit Duck Cholera Penyebab: bakteri Pasteurela avicida. Gejala: mencret, lumpuh, tinja kuning kehijauan. Pengendalian: sanitasi kandang,pengobatan dengan suntikan penisilin pada urat daging dada dengan dosis sesuai label obat.
2) Penyakit Salmonellosis Penyebab: bakteri typhimurium.Gejala: pernafasan sesak, mencret. Pengendalian: sanitasi yang baik, pengobatan dengan furazolidone melalui pakan dengan konsentrasi 0,04% atau dengan sulfadimidin yang dicampur air minum, dosis disesuaikan dengan label obat.
